深圳兒童醫(yī)院專業(yè)設置齊全，共有臨床醫(yī)技科室28個，如兒內科各專業(yè)、兒外科各專業(yè)、兒童保健科、青春期婦科、皮膚科、中醫(yī)科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、康復醫(yī)療科、放射科、功能檢查科、B超室、中心檢驗室、藥劑科、療理科、研究實驗等。涵蓋了綜合性兒童醫(yī)院應有的業(yè)務科室。有規(guī)模為3000人次/日的門診部。